慢性扁桃体炎主要是进行药物治疗，还可以配合局部雾化吸入治疗。但如果扁桃体发炎反复发作，一年超过五次，且有小腺体增生，那么扁桃体就需要切除，因为有可能导致急性肾小球肾炎。但是扁桃体是免疫器官，要慎重随意切除。
慢性扁桃体炎首先提倡保守治疗，平时患者需要锻炼身体，增强体质，然后就是预防感冒等。还有可以通过口腔漱口，局部灌洗，有一些中医针灸，热疗等办法缓解患者的情况。通常保守治疗效果不好的时候，可以进行手术治疗。
慢性扁桃体炎是由于溶血性链球菌感染导致的，主要是进行药物治疗，常用的药物有琥乙红霉素片、头孢克肟分散片、蒲地蓝消炎口服液、清喉咽合剂等等。有条件时还可以去医院做做雾化吸入治疗，配合局部雾化吸入治疗效果更好，特别适合儿童。急性期患者要多喝水，清淡饮食。如果扁桃体发炎反复发作，一年超过五次的情况下，就要考虑进行手术切除扁桃体，因为是有可能导致急性肾小球肾炎。
慢性扁桃体炎可以通过药物进行治疗。慢性扁桃体炎我们首先来说还是提倡一个保守治疗，就是非手术治疗。保守治疗的话，我们还是让患者要锻炼身体，这样增强体质，预防感冒和预防上呼吸道的一些感染。这样的话都是这些东西都会诱发他扁桃体的发炎。还有一些方法是通过一些口腔漱口，局部的一个灌洗，有一些中医的方法进行一些针灸，还有一些热疗，也是一种非保守治疗。
出现慢性扁桃体炎可做药物治疗：长期服用维生素，体质虚弱常易发作者，应在医生指导下使用提高机体免疫力功能的制剂。非急性发作时，不要滥用消炎药。手术治疗：扁桃体过度肥大，妨碍呼吸、吞咽者，反复急性发作者，长期低热，全身检查除扁桃体炎外无其他病变者，由于扁桃体炎而导致的肾炎、风湿等病者，应在医生指导下择期手术。
慢性扁桃体炎并非绝对手术适应症，由于各种原因不适于马上手术，可试用下列方法：（1）使用增强免疫力的药物；（2）局部淡盐水漱口；（3）若为链球菌感染，可用长效青霉素治疗；同时应加强体育锻炼，增强体质和抗病能力。当保守治疗无效时应采用手术疗法。
有慢性扁桃体炎的患者，一般在身体抵抗力下降时、咽部反复感染时，会很容易复发，在治疗上可以给予药物治疗，比如给予清热解毒的药物，有蓝芩口服液、冬凌草片，急性炎症发作时，也可以给予抗生素治疗，比如阿莫西林、头孢噻肟等。如果有扁桃体过度肥大，影响呼吸，并且每年复发次数大于五次的，一般建议切除扁桃体。
慢性扁桃体炎的治疗首先要求患者平时保持口腔卫生，每天进行睡前刷牙、饭后漱口能降低口腔内细菌感染的机会。也可以进行药物治疗，长期服用维生素C能有效缓解症状。如果药物治疗无效，患者要进行手术。但通常传统手术的创伤大，治疗效果不佳。
慢性扁桃体炎治疗方法有非手术治疗及手术治疗。非手术治疗就是针对症状较轻患者，主要方法就是舒缓血压、多注意休息、含喉片、局部的杀菌、冲洗隐窝口等，不是很主张使用抗生素；手术的疗法是治疗慢性扁桃体炎主要方法，针对哪些病情较为严重，常常出现发炎化脓的患者，具体的术式有挤切术、剥离术以及等离子消融剥离扁桃体术。
慢性扁桃体炎的治疗主要是保持口腔清洁，每天睡前刷牙，饭后漱口，这样可以减少口腔细菌感染的机会。然后还有药物治疗，可以长期服用维生素C，1天1片，1天3次。如果病人身体虚弱并且容易频繁发作，他或她可以在医院医生的指导下使用药物来改善身体的免疫功能。如果不是急性发作，千万不要滥用抗炎药物。如果慢性扁桃体炎导致扁桃体过度肥大并阻碍呼吸和吞咽，可以采取外科治疗。